શાસ્ત્રોમાં નિત્ય પૂજામાં મંત્રોના જાપને પણ મહત્વ આપવામાં આવ્યું છે. મંત્રના જાપ માટે પુરાણોમાં એવું વર્ણન છે કે આ માટે સમય, સ્થળ અને યોગ્ય માળાનો ઉપયોગ કરવો શુભ છે. આ સાથે, કોઈપણ મંત્રના જાપ માટે ત્રણ પદ્ધતિઓ આપવામાં આવી છે - વાચિક, ઉપાંશુ અને માનસિક. મંત્રના દરેક અક્ષરનો ઉચ્ચાર સ્પષ્ટ રીતે થતો હોય તેને જપ કહેવામાં આવે છે. આ અક્ષરો વાણી દ્વારા ફૂટતા રહે છે અને નજીકમાં બેઠેલા લોકો તે મંત્રનું ધ્યાન સરળતાથી કરતા રહે છે. આ મંત્ર જાપ કરવાની પદ્ધતિ છે. આગળ આપણે જાણીએ કે મંત્ર જાપ કરતી વખતે માળા ધારણ કરવી કેવી રીતે શુભ માનવામાં આવે છે.
જપમાલા સૂત્રમાં મંત્રનો જાપ કરવા માટે કહેવામાં આવ્યું છે કે “मध्यमायां न्यसेतमालां ज्येष्ठाआवर्तयेत सुधि:”। એટલે કે, મંત્ર જાપ કરવા માટે, મધ્ય આંગળી (મધ્યમાની આંગળી) અને રિંગ ફિંગર (મધ્યમ આંગળી પછી) પર માળા રાખીને તમારા અંગૂઠાથી (મંત્ર જાપ) કરવો જોઈએ. તેમજ દરેક માળા પકડીને જ મંત્રનો જાપ કરવો જોઈએ. આ સિવાય આ રીતે મંત્રનો જાપ કરવાથી ભક્તિ-મુક્તિની પ્રાપ્તિ થાય છે.
બીજી તરફ, જે ઈચ્છા માટે મંત્રનો જાપ કરવામાં આવે છે તે પૂર્ણ પરિણામ આપે છે. મંત્રના જાપ માટે સવાર, બપોર અને સાંજનો સમય યોગ્ય માનવામાં આવે છે. આ સમયે મંત્ર જાપ કરતી વખતે માળા ક્યાં રાખવી જોઈએ તે પણ શાસ્ત્રોમાં જણાવવામાં આવ્યું છે. શાસ્ત્રો અનુસાર જો સવારે મંત્રનો જાપ કરવામાં આવે તો માળા તમારી નાભિની સામે રાખવી જોઈએ. તે જ સમયે, જ્યારે તમે બપોરે મંત્રનો જાપ કરો છો, ત્યારે માળા તમારા હૃદયની પાસે રાખવી જોઈએ. પછી જ્યારે સાંજે માળા કરવામાં આવે ત્યારે માળા તમારી આંખોની સામે રાખવી જોઈએ.